| Partidos perdidos con Pako Ayestarán como entrenador en la temporada 2016-2017 |
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| Fecha | Competición | En | Rival | Res | Árbitro | Estadio |
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| 18.09.2016 | Primera División | Fuera | Athletic de Bilbao | 1 - 2 | Gil Manzano | Nuevo San Mamés |
| 11.09.2016 | Primera División | Casa | Real Betis | 2 - 3 | González González | Mestalla |
| 27.08.2016 | Primera División | Fuera | SD Eibar | 0 - 1 | Hernández Hernández | Ipurúa |
| 22.08.2016 | Primera División | Casa | UD Las Palmas | 2 - 4 | Vicandi Garrido | Mestalla |
| 06.08.2016 | Pretemporada | Fuera | Crystal Palace | 1 - 3 | Andre Marriner | Selhurst Park |
| 23.07.2016 | Pretemporada | Fuera | Feyenoord | 1 - 2 | Reinhold Wiedmeier | Stadion Feijenoord |