Formado en el Club Deportivo Romanón de su pueblo natal, Pola de Siero, Javi Fuego se incorporó muy joven a la cantera del Sporting de Gijón llegando a debutar con el primer equipo en la temporada 2001-2002. Permaneció en la primera plantilla del club asturiano durante seis campañas en Segunda División, siendo titular indiscutible desde 2004 hasta 2007. Jugó en total 114 partidos, marcando cuatro goles. En el verano de 2007– fue traspasado al Levante por una cantidad cercana a los 850.000 euros, pero fue uno de los muchos jugadores que abandonaron el equipo debido a los problemas financieros del club y el descenso de categoría. Con el Levante, Fuego disputó un total de 24 partidos, en los que logró marcar un gol.

En agosto de 2008 firmó con el Recreativo de Huelva, club con el que disputó un total de 67 partidos y marcó seis goles. En 2010, fichó por el Rayo Vallecano, de la Segunda División, y pronto se convirtió en titular indiscutible de un equipo que logró el ascenso en su primera temporada. Durante los dos siguientes años en Primera, apenas se perdió un partido disputando un total de 104 partidos, en los cuales marcó un gol.

El 1 de julio de 2013 se hizo oficial su fichaje por el Valencia CF, que buscaba un refuerzo para su centro del campo. Se presentó en Mestalla un centrocampista trabajador, infatigable, que pronto se ganó a la grada gracias a su esfuerzo y a su enorme capacidad para recuperar balones. No tardó en hacerse titular indiscutible en la medular, y lo fue con todos los entrenadores que tuvo: Djukic, Pizzi, Nuno, Neville y Ayestarán. Disputó nada menos que 116 partidos en tres temporadas, saliendo a una media de 38 partidos por campaña, lo que da una idea de su importante presencia en el equipo, al que sostuvo en épocas delicadas y reforzó en el gran curso de 2015.

Fue, sin duda, el pulmón del equipo durante tres buenas campañas demostrando una profesionalidad intachable, por lo que su salida del equipo se acogió con cierta tristeza por parte de la grada. En agosto de 2016, se anunció su fichaje por el Espanyol, club con el que firmó un contrato por tres temporadas.