Nacido en Salgueiro, Pernambuco, Santos inició su carrera futbolística en las categorías inferiores del Salgueiro Atlético Clube en 2005, club al que se incorporó desde la Escolinha de Futebol de Tete. Debutó con el primer equipo en 2008, aunque tuvo pocas participaciones durante el Campeonato Brasileiro Série C. En el verano de 2010, después de una cesión al Araripina FC, Aderlan emigró a Portugal en busca de mejores opciones para su carrera, firmando con el CD Trofense. Debutó con el equipo un 29 de agosto, marcando el único gol de su equipo en el partido de Segunda contra el Gil Vicente. Durante su primera temporada en el equipo portugués, apenas tuvo participaciones, pero en la segunda campaña participó en 28 partidos, en los que logró marcar 6 goles.

El 11 de julio de 2012, Santos firmó un contrato de dos años con el SC Braga, aunque inicialmente fue inscrito con el segundo equipo, con el que se consolidó como titular indiscutible, hasta que debutó con el primer equipo en la Primera División el 9 de marzo de 2013, en partido local contra el CS Marítimo. Sus buenas actuaciones le permitieron renovar el 23 de septiembre, firmando un nuevo contrato de 5 años con una cláusula de rescisión de 20 millones de euros, después de rechazar una oferta del Stade Rennais francés. Aderlán se convirtió en un fijo de las alineaciones durante las dos siguientes temporadas, llegando a llamar la atención de grandes clubes europeos, hasta que en agosto de 2015 fichado por el Valencia CF a cambio de 9,5 millones de euros.

Esta gran inversión no se tradujo, sin embargo, en resultados aceptables. En las dos temporadas en las que Santos permanece en el Valencia, disputa un total de 40 partidos, pero su rendimiento en la defensa dista mucho de lo esperado. El equipo finaliza ambas temporadas en el puesto 12 de la clasificación, siendo uno de los equipos más goleados de la Liga. La llegada de Marcelino en el verano de 2017 supone su sentencia, y ante la falta de oportunidades, busca una salida y marcha cedido al Santos brasileño. En agosto de 2018, tras finalizar su cesión habiendo jugado sólo 3 partidos, Santos vuelve a Valencia pero el técnico asturiano insiste en no contar con sus servicios, por lo que vuelve a marcharse cedido, esta vez al Esporte Clube Vitória brasileño, con el que juega 20 partidos y marca un gol. En enero de 2019, Aderlan Santos ficha por el Al-Ahli Jeddah de la Liga de Arabia Saudí.