Nacido en bruselas de padres congoleños, Michy Batshuayi pasó por las categorías inferiores de los clubes locales RFC Evere, RUSA Schaarbeek, RDWM Brussels y Anderlecht antes de llegar al Standard de Lieja, club con el que debutó a los 17 años en la Primera División. Entre 2011 y 2014, el delantero disputó un total de 120 partidos con el conjunto rojiblanco en los que marcó 44 goles. La temporada 2013-2014 fue la de su consagración con el equipo belga, ya que hizo 23 goles en 49 encuentros. Ese verano, Batshuayi hizo las maletas para viajar a Francia y firmar con el Olympique de Marsella, que pagó cerca de 20 millones de euros por su traspaso. Con el equipo de Marcelo Bielsa, el ariete completa dos buenas temporadas, en las que anota 33 goles en 78 partidos. Sus buenas actuaciones le abrieron la puerta de la selección belga, con la que debutó el 28 de marzo de 2015, en partido de clasificación para la Eurocopa contra Chipre, y de la Premier League, ya que en el verano de 2016 se produjo su traspaso al Chelsea a cambio de 39 millones de euros.

El 3 de julio, Michy firmó un contrato de 5 años con el club londinense. A sus 23 años, debutó en la máxima competición británica el 15 de agosto de 2016 frente al West Ham. Sin embargo, sus apariciones con el primer equipo fueron irregulares, y pese a que terminó participando en 20 encuentros en los que marcó 5 goles, sólo fue titular en uno de ellos. No mejoró su situación bajo las órdenes de Antonio Conte en su segundo curso. 16 apariciones, 4 de ellas como titular, y cuatro goles fueron su carta de presentación. Unos números insuficientes para su proyección, por lo que en el mercado de invierno el club le buscó acomodo en la Bundesliga. El 31 de enero de 2018, en el último día de mercado, Batshuayi marchó cedido al Borussia Dortmund hasta final de temporada. Pese a no ser titular indiscutible con el conjunto germano, Michy marcó 9 goles en 14 partidos, 13 de ellos como titular. Finalizada la temporada, el club inglés comunicó al belga que no contaba con él para la primera plantilla, por lo que el futbolista volvió a buscar una cesión. El 10 de agosto de 2018 el Valencia CF, que buscaba un delantero para reforzar su línea de ataque tras la marcha de Simone Zaza y Luciano Vietto, anunció su fichaje como cedido hasta julio de 2017.

La llegada de Michy Batshuayi al Valencia CF fue acogida con gran ilusión por parte de los aficionados valencianistas. Se trataba de un delantero contrastado, con buenos números, y que acababa de conquistar la tercera plaza en la Copa del Mundo de Rusia con su selección, habiendo realizado un buen mundial. Nada más lejos de la realidad ya que el futbolista, que llegó a Mestalla falto de forma y ritmo, no consiguió adaptarse a las demandas de Marcelino y no supo integrarse adecuadamente en el grupo. Su estancia en la ciudad del Turia se resume en 23 partidos, 10 de ellos como titular, y 3 goles. La situación del jugador fue empeorando con el paso de los meses hasta el punto de que el club decidió buscar una solución y en enero de 2019 llegó a un acuerdo con el Chelsea para finalizar el contrato de cesión. Finalmente, el acuerdo quedó resuelto y el delantero belga dejó Valencia para volver a la Premier League como cedido en el Crystal Palace.