Defensa de calidad técnica y buena pegada, Fran Figueroa se forjó en la cantera del Valencia CF y pasó por dos cesiones muy positivas por Torrente y Teruel entre 1990 y 1992 que le curtieron y le hicieron ganar experiencia. En el verano de 1992, Valdez le subió al Mestalla, jugando 20 partidos en Segunda B, mostrándose como un lateral derecho brillante, hasta tal punto que el técnico holandés del primer equipo, Guus Hiddink, le hizo jugar unos minutos en el último partido de Liga contra el Oviedo. Fue su debut en Primera División. Continuó en el equipo filial la temporada siguiente, jugando 25 partidos y participando unos minutos más en partido de Liga contra el Deportivo. El curso siguiente debía ser el de su certificación, pero los tiempos convulsos en los que se encontraba el club se llevaron por delante a una prometedora generación. Fran, que había sido titular indiscutible con Pep Balaguer, marcando 3 goles en 28 partidos, prefirió probar mejor suerte en otros lares y fichó por el Nàstic de Tarragona.

En el club catalán, Fran se convierte en un fijo en las alineaciones de Jordi Gonzalvo Solà, destapándose como un magnífico carrilero con gran llegada y capacidad goleadora. Marcó 21 goles en 65 partidos en Segunda B, cifras muy significativas para un defensa lateral. La temporada siguiente, el jugador firma con el Polideportivo Almería, club de la misma categoría, donde juega 6 partidos y marca dos goles. En el verano de 1998, Fran se incorpora a la pantilla del Lleida, donde relanza su carrera en la Segunda División, completando 103 partidos oficiales y anota 4 goles. En julio de 2001, tras confirmarse el descenso del equipo de la «terra ferma» a Segunda B, Figueroa se encuentra ante la gran oportunidad de su vida, al recibir una oferta para jugar en Primera División con el RCD Espanyol.

Tras una buena pero irregular campaña bajo las órdenes del técnico Paco Flores, en la que disputa 18 partidos, el futbolista valenciano ficha por el Real Oviedo, disputando 32 partidos y marcando 2 goles con el equipo asturiano. Finalizado su contrato tras producirse el descenso del club carbayón, en julio de 2003 firma un contrato de dos años con el Hércules CF, para jugar en Segunda División B, completando 48 partidos y marcando dos goles antes de anunciar su retirada de los terrenos de juego en el verano de 2005, a la edad de 32 años.