Extremo izquierdo uruguayo de gran velocidad, fuerte disparo y buena técnica individual, Canobbio nació futbolísticamente en el Club Atlético Progreso de Uruguay, participando en 1999 en el Torneo Internacional de Shanghai con la selección B de Uruguay, donde se proclamó campeón, y en ese mismo año participó en el mundial sub-20 de Nigeria. En 2001 fichó por el Peñarol de Montevideo, donde empezó a despuntar a nivel internacional tras lograr la cifra de 80 goles en cinco temporadas.

En el verano de 2003, firmó con el Valencia de Rafael Benítez, convirtiéndose en uno de los controvertidos fichajes de un verano en el que el técnico madrileño se quejó porque la directiva no le traía lo que él pedía. El entrenador lo veía como un interior izquierdo, sustituto de Vicente, y sus minutos fueron muy pocos. No fue titular de forma regular, disputando 11 partidos de liga y 10 de la Copa de la UEFA en la temporada del doblete.

Tras la pretemporada 2004/2005 y el cambio de entrenador, marchó cedido al Celta de Vigo, donde acumula 12 goles en 38 partidos, siendo el mejor goleador del Celta, que finalmente lo ficha por 1 millón y medio de euros. La temporada siguiente sigue con su buena aportación y el equipo logra el ascenso a Primera División.

En el verano de 2008, firma con el Valladolid por 3 temporadas, tras rescindir su contrato con el Celta, volviendo a Primera División. Dos años después, en 2010, es traspasado al AE Larisa griego. En 2011 vuelve a su país para jugar con el Centro Atlético Fénix y, en 2012, tras no renovar su contrato, vuelve al equipo que lo vio nacer, el CA Progreso.