Nacido en Quart de Poblet, Rafael Domingo se convirtió en una de las joyas de la cantera del Elche, llegando a ser titular con la selección española juvenil en el Campeonato Internacional organizado por la UEFA en Barcelona en mayo de 1972. Su excepcional actuación como lateral izquierdo en aquella competición llamó la atención de los técnicos del Valencia CF, que se trajeron al futbolista a la ciudad del Turia mediante un un estratégico cambio de residencia para reforzar al equipo filial. Debutó con el Mestalla en Segunda División de la mano de Manolo Mestre con tan sólo 18 años de edad, el 24 de marzo de 1973, en un empate sin goles contra el Sevilla. Era la jornada 29 y acabó jugando todos los partidos hasta finalizar la campaña, en la que desafortunadamente el equipo descendió a Tercera.

Esperó pacientemente la llegada de una oportunidad, que le acabó llegando en 1975, con la disputa del novedoso campeonato regional para reservas. Su rendimiento fue bueno y el técnico serbio Dragoljub Milosevic le ascendió al primer equipo para la Liga del 76, en la que participó en un total de 10 partidos, además de dos en la Copa. Sin duda tuvo la mala fortuna de llegar a la élite en tiempos muy revueltos, con malos resultados y cambios de entrenadores y presidentes. La llegada de Cerveró le dejó sin apenas opciones, por lo que optó por aceptar una cesión al Levante, donde apenas participó en tres partidos de la Segunda División. Volvió al Mestalla, donde siguió esperando una oportunidad que sólo llegó en un partido de Copa contra el Burgos en El Plantío en septiembre de 1977. En 1978, tras disputar la pretemporada con el primer equipo, volvió a marchar cedido, esta vez al Sabadell, donde sí logró encontrar estabilidad con el técnico valenciano José Martínez Palomar, participando en 24 partidos en la categoría de plata en los que anotó 4 goles.

En el verano de 1980, Rafael volvió a participar en varios amistosos de la pretemporada, pero la competencia en el lateral izquierdo era feroz, y Alfredo Di Stéfano le aconsejó buscar mejores oportunidades. Fichó por el Real Oviedo de Nando Yosu, donde logró afianzarse en el equipo titular y explotar definitivamente como lateral izquierdo en un equipo que, durante tres temporadas, buscó ansiosamente el ascenso a Primera División que no llegó a producirse. Completó 81 partidos con el equipo asturiano en los que anotó 5 goles. En el verano de 1982, regresó a Valencia para defender la camiseta del Levante. Logró el ascenso a Segunda División B en 1984, y en esa categoría disputó los últimos 10 partidos de su carrera deportiva, ya que en el verano de 1985, cumplida la treintena, decidió colgar las botas de forma definitiva.