Nacido en la capital de la Ribera Baixa, Juan Ibáñez se formó en las categorías inferiores de la Sociedad Deportiva Sueca, donde coincidió con un nutrido grupo de grandes futbolistas que acabarían triunfando en el Valencia CF, como Paco Sendra, Pepe Solves, Daniel Mañó o el gran Antonio Puchades. Se incorporó al Mestalla a los 21 años, en 1948, junto a su hermano Salvador, conocido como «Rabanito». Se trataba de un buen interior izquierda
que debutó en Segunda División bajo las órdenes de Carlos Iturraspe el 6 de marzo de 1949 en Alicante contra el Hércules, y que destacó como un poderoso lateral derecho en el Mestalla que en 1952 consiguió el ascenso a Primera División frustrado por la Federación.

El 15 de diciembre de 1953 le llegó la oportunidad de debutar con el primer equipo de la mano de Jacinto Quincoces, en un partido amistoso contra Independiente de Avellaneda. Contaba entonces con 25 años y había moderado el ímpetu que le caracterizaba en sus comienzos para convertirse en un excepcional defensa, con gran capacidad de desdoblamiento y muy serio en los marcajes. El 7 de febrero de 1954 debutó en Primera División contra el Sevilla en el Pizjuán. Acumulaba por aquel entonces 90 partidos con el filial, y se abría ante él la posibilidad de consolidarse en el Valencia. No tuvo, sin embargo, demasiadas oportunidades. En su primera campaña participó en seis partidos de Liga, pero no intervino en la Copa conquistada en junio del 54 contra el FC Barcelona.

En su segunda temporada, bajo la batuta de Iturraspe, tampoco gozó de continuidad. Participó en una racha de cinco partidos de Liga, entre la jornada 22 y 26, pero una lesión reiterativa le privó de disponer de minutos suficientes para asentarse en el equipo. En el verano de 1955 emigró a las Islas Canarias en busca de mejor fortuna en el Club Deportivo Tenerife, participando en 12 partidos de Liga en la Segunda División. La temporada siguiente la pasó en el Eldense, donde cumplió los treinta y anunció su retirada tras disputar nueve partidos en la categoría de plata con el conjunto alicantino.

Juan Ibáñez falleció en Sueca el 8 de marzo de 2005, a los 77 años de edad, tras una larga enfermedad.