Carlos Pérez era un aguerrido defensa central, nacido en Sueca y formado en las categorías inferiores del Valencia CF. Llegó al Mestalla con 17 años, y se convirtió en capitán y pulmón del filial valencianista en los difíciles momentos de inicios de la década de 2000. Pasó por una cesión por el Villarreal, en la temporada 1999-2000, antes de que Héctor Cúper se fijara en él y le convocara para el stage de pretemporada 2000-2001, donde debutó con el primer equipo frente al SV Seekirchen. Después de aquel partido, regresó al filial, y únicamente reapareció la temporada siguiente en un partido de la Copa Generalitat frente al Villarreal.

La temporada 2002-2003 la pasó cedido en el filial del Sevilla, y en vista de su negro futuro en el club de Mestalla, decidió probar mejor fortuna en el Hércules de Alicante, club con el que fichó tras quedar libre en el verano de 2004. En su primera temporada, jugó un total de 33 partidos en Segunda B, logrando el ascenso a Segunda División. En la categoría de plata, apenas tuvo opciones y sólo jugó un encuentro. Finalizado el curso de 2006, buscó suerte en el Orihuela, donde jugó una campaña y media, totalizando 48 partidos de Liga. En el mercado de invierno, fichó por el Fuenlabrada. El verano siguiente, firmó un contrato con el Club Atlético Lorquí, club fundado para intentar revivir al desaparecido Ciudad de Murcia, pero su experiencia acabó mal y acabó denunciando al club por impagos. Finalizada la temporada 2008-2009, decidió poner fin a su carrera deportiva a los 29 años de edad.