Lateral diestro fuerte, rápido y con una notable técnica, que destacaba sobre todo por sus cualidades ofensivas, Miguel Brito es uno de esos casos de jugadores que pese a su potencial físico y técnico, vio cómo su carrera profesional era gravemente afectada por su polémica vida privada. Formado en las categorías inferiores del Estrela Amadora, un modesto club de la periferia de Lisboa, debutó con el primer equipo en 1998 y permaneció en él durante dos temporadas.

Fue traspasado al Benfica dónde jugó 157 partidos oficiales desde 2000 hasta 2005. Su gran actuación en uno de los equipos punteros del campeonato luso le sirvió para alcanzar la internacionalidad y conquistar la Copa de Portugal en 2004 y la Liga y la Supercopa en 2005. En el verano de 2005 forzó su traspaso al Valencia alegando problemas en su contrato con el Benfica, por lo que finalmente firmó con el el club de Mestalla por ocho millones de euros, donde permanecería ocho temporadas.

El debut de Miguel con el Valencia fue espectacular. Mestalla vio a un joven jugador lleno de fuerza, garra y capacidad ofensiva. El día de su debut, el 17 de septiembre de 2005, marcó un golazo contra el Deportivo de la Coruña que levantó a todos los aficionados de sus asientos. El público no daba crédito y creía estar ante la reencarnación del mismísimo Jocelyn Anglomá. El jugador portugués disputó 270 partidos con la camiseta del Valencia, y fue titular indiscutible durante varios cursos, llegando incluso a lucir el brazalete de capitán. Además, fue internacional con la selección de Portugal en 52 ocasiones, anotando 1 gol.

En la parte negativa, Miguel protagonizó varias buenas temporadas, pero su rendimiento y compromiso con el equipo fue de más a menos. La llegada de Unai Emery al banquillo en la temporada 2008-2009 acentuó los problemas, y Miguel comenzó a convertirse en asiduo protagonista de incidentes extradeportivos, algunos de ellos a altas horas de la madrugada y que terminaron en problemas con la justicia. Desplantes al entrenador, no asistencia a entrenamientos, llegadas tardes a convocatorias, fueron minando la confianza del club y la afición en un jugador que, poco a poco, fue apagando la ilusionante llama con la que había llegado siete años atrás.

Al finalizar la temporada 2011-2012, el club decidió no renovarle el contrato por lo que quedó libre. Al no encontrar equipo, Miguel decidió poner finalmente punto final a su carrera como futbolista a los 32 años.