Asier del Horno comenzó su carrera como futbolista en las categorías inferiores del Athletic Club de Bilbao. Debutó con el Bilbao Athletic con sólo 18 años, disputando un total de 26 partidos y marcando un gol en Segunda División B. Su progresión y sus buenas actuaciones como lateral izquierdo le valieron el ascenso al primer equipo en el verano de 2000 de la mano del técnico Txetxu Rojo. Debutó en Primera en la primera jornada de Liga contra el Deportivo de La Coruña y, pese a que en su primer curso sólo disputó 14 partidos de Liga, su progresión fue en aumento hasta completar 126 partidos oficiales con los Leones entre 2000 y 2005, debutando en 2004 con la selección española, con la que fue 10 veces internacional, y convirtiéndose en uno de los laterales más codiciados de Europa.

En junio de 2005 el Chelsea FC paga 8 millones de libras por su traspaso. Pese a que sufrió una grave lesión en septiembre, su adaptación a la Premier League es rápida y juega un total de 29 partidos entre Liga y Champions con el club londinense. En julio de 2006 ficha por el Valencia CF, que paga por él un total de 12 millones de euros. En Mestalla, el defensa vasco no tuvo suerte, ya que al poco de llegar se lesiona de nuevo, permaneciendo casi 8 meses fuera de los terrenos de juego. En su primer curso en Valencia juega sólo 8 partidos oficiales y el entrenador, Quique Sánchez Flores, le descarta para la siguiente campaña, por lo que se marcha cedido a su club de origen, el Athletic de Bilbao, con el que juega 16 partidos oficiales.

En el verano de 2008, ya con Unai Emery en el banquillo, Asier del Horno vuelve al Valencia con el objetivo de recuperar la titularidad en competencia con el italiano Emiliano Moretti. Sin embargo, aunque durante la temporada 2008-2009 jugó 21 partidos, la campaña siguiente tuvo un escaso protagonismo y en el mercado invernal se marchó cedido al Real Valladolid. Jugó 13 encuentros con el conjunto castellano, pero sin embargo no pudo evitar el descenso del equipo a Segunda División. En el verano de 2010 el Valencia recupera al jugador de su cesión, pero al no contar con él el técnico vasco, vuelve a irse cedido, esta vez al Levante, que acababa de ascender a Primera División. En el conjunto granota, Del Horno se asienta en el once inicial y completa 23 partidos en Primera.

Finalmente, el 11 de julio de 2011, Asier rescinde su contrato con el Valencia y firma con el Levante. Pero tras una temporada plagada de lesiones el club decidió no seguir contando con sus servicios y quedó libre. Esta situación provocó que Del Horno decidiera concluir su carrera deportiva de forma prematura, con tan sólo 31 años, lastrado por los continuos problemas físicos.