Centrocampista de ataque ambidiestro, el futbolista valenciano Francisco Javier Sanchís desarrolló la mayor parte de su carrera deportiva en Villarreal y Castellón. Jugador capaz de actuar en cualquier posición de tres cuartos de campo hacia delante, desarrollaba la función de segundo punta a la perfección por su capacidad de sorpresa llegando desde atrás. Con una buena dosis de gol y calidad a balón parado, era un jugador agresivo y competitivo. Destacó desde muy joven en las categorías inferiores del Valencia CF, marchando cedido una temporada al Alcoyano, donde anotó 14 goles en 44 partidos en la Segunda División B. A su regreso, realizó la pretemporada con el primer equipo, participando en cuatro partidos amistosos, completando una magnífica temporada en el Mestalla bajo las órdenes de Pep Balaguer (38 partidos y 8 goles).

Pese a su magnífica trayectoria y a haberse convertido en una de las joyas de la cantera, la acumulación de estrellas en el centro del campo del primer equipo apenas le dejaron opciones, por lo que buscó mejor fortuna en el Lleida, donde volvió a completar un curso muy notable, con 6 tantos en 36 partidos. Fue en el verano de 1996 cuando fichó por el Villarreal, completando una muy buena temporada con 9 goles en 35 encuentros. En 1997, cambió la historia del equipo castellonense, cuando el empresario valenciano Fernando Roig compró la mayoría de las acciones del club y comenzó un proyecto a largo plazo para llevar al equipo a la élite del fútbol español. La temporada siguiente, el equipo consiguió el histórico ascenso a Primera División. Sanchís participó en 32 partidos y anotó un gol en aquella inolvidable campaña.

Javi debutó en la máxima categoría el 20 de septiembre de 1998, en la tercera jornada de Liga, precisamente frente al Valencia, jugando un total de 16 partidos oficiales y marcando un gol en la Copa del Rey contra el Sevilla. Tras el descenso del equipo a Segunda y la llegada de Joaquín Caparrós al banquillo, el jugador deja de contar en las alineaciones y decide marchar al Castellón en el mercado de invierno, tras haber jugado sólo 3 partidos con el submarino amarillo. Sanchís permanecería siete temporadas en las filas del conjunto de La Plana, convirtiéndose en uno de los jugadores referentes del club. En total, jugaría 153 partidos oficiales en los que anotaría 10 tantos. En 2005, logró el retorno a la Segunda División como capitán del equipo, sin embargo, la primera mitad de la temporada 2005-2006 continuó en el Castellón sin dorsal, hasta que decidió marchar al Foios, equipo de su localidad natal en el que puso punto final a su carrera deportiva en 2008, a los 36 años de edad. Tras su retirada, colaboró como comentarista en Canal 9 en los partidos del CD Castellón.