Nacido en Ontinyent, Juanjo Pereira se formó como centrocampista en las categorías base del Valencia CF, llegando en la temporada 2002-2003 al equipo juvenil y debutando con el primer equipo apenas unos días después de haber cumplido los 19 años en un partido amistoso contra el Castellón en el Nuevo Castalia de la mano de Rafa Benítez. Pese a ello, el futbolista no se consolida en el equipo filial y busca una salida, por lo que en 2003 ficha por el Teruel, pasando posteriormente por el Ontinyent y el Extremadura.

En el verano de 2006, Pereira ficha por el Orihuela, club con el que debuta en categoría nacional, la Segunda División B, completando un total de 19 partidos. Posteriormente pasa por Lanzarote (31 partidos y 2 goles), Orihuela (38 partidos y 1 gol), Cultural Leonesa (27 partidos), Albacete Balompié (11 partidos en Segunda División), San Roque de Lepe (34 partidos y 3 goles en Segunda B), Ceuta (30 partidos y un gol), Alcoyano (31 encuentros), Ontinyent (28 partidos y 3 goles), Rayo Cantabria (28 partidos y 4 goles) y Extremadura (37 partidos y 5 goles), club en el que pondría punto final a su carrera deportiva.