Nacido en Cádiz a principios del siglo XX, Francisco Reyes emigró a Barcelona con su familia siendo niño, donde se formó en la cantera del Club Deportivo Júpiter, club fundado en 1909 en el barrio de Poblenou, y en el que formó junto a Garrobé una de las defensas más sólidas en el fútbol regional de Cataluña. El zaguero sorprendió a la crítica y los aficionados de Mestalla en sus visitas de 1921 y 1923, tanto, que ese mismo verano el equipo valencianista acometió el fichaje de ambos jugadores, que llegaron como los primeros fichajes profesionales del club.

El futbolista impresionaba por su talla y físico, su valentía en los cruces y su sacrificio incansable en el terreno de juego. Su barridos ante las acometidas rivales le hicieron ganarse el seudónimo de «Arrauxadora», y logró ganarse el puesto de titular durante cinco campañas completas, justo hasta el inicio de la primera Liga profesional, que no llegó a jugar con el Valencia. Finalizada su estancia en el club blanquinegro, prefirió quedarse en Valencia y fichó por el Gimnástico, con el que visitó Mestalla en el Campeonato Regional de la temporada 1928-1929, recibiendo el caluroso y merecido homenaje de la grada. En 1929 fichó por el Sporting de Canet, donde permaneció hasta 1931.