Nacido en la localidad gaditana del Puerto de Santamaría, Joaquín Sánchez Rodríguez, se crió en el seno de una familia de 8 hermanos de los cuales dos fueron futbolistas. Comenzó a jugar en el Club Deportivo Los Frailes y, posteriormente, jugó en el Club Deportivo San Luis hasta que su tío, Miguel Velásquez, le consiguió una prueba con el equipo juvenil del Real Betis. Su ilusión siempre había sido ser futbolista o torero, por lo que al ser aceptado por el club verdiblanco, su decisión final se inclinó hacia el césped en lugar del albero. Su velocidad, su magnífica calidad y su capacidad de regate y gol le permiten ascender por las categorías inferiores de forma meteórica, llegando al equipo filial en 1999, debutando en Segunda División B, bajo las órdenes de José Ramón Esnaola, el 12 de septiembre en Motril. Esa temporada, Joaquín disputa 27 partidos oficiales y marca 2 goles.

Su gran oportunidad llegó cuando el técnico gallego, Fernando Vázquez, le convocó para el trofeo Colombino en el verano del año 2000. El 3 de septiembre debutó en Segunda División, en el Multiusos de San Lázaro, frente a la SD Compostela y logró el ascenso a Primera con el Betis tras marcar 3 goles en 39 partidos. Se había convertido en titular indiscutible y una de las piezas fundamentales del equipo bético a los 19 años de edad, con un brillante y esperanzador futuro por delante. Joaquín permanece cinco temporadas más en el equipo andaluz, completando 217 partidos en los que marca 32 goles y llegando a debutar con la selección española el 13 de febrero de 2002, participando en el Mundial de Corea y Japón en 2002 y en el de Alemania de 2006. A lo largo de su carrera, Joaquín completaría un total de 51 internacionalidades. El jugador, que había conquistado la Copa del Rey de 2005 con el equipo andaluz, se había convertido a sus 24 años en uno de los mejores y más cotizados centrocampistas de la Liga española.

En el verano de 2006, el Valencia CF consiguió el fichaje del extremo a cambio de 24 millones de euros, convirtiéndose en el traspaso más caro de la historia del club. Llegaba a Mestalla la magia de «la finta y el sprint», un futbolista único, cuyo optimismo y buen humor le hizo ganarse pronto el cariño de la grada. Joaquín permaneció 5 temporadas en el Valencia CF, con un muy buen rendimiento y manteniendo el puesto de titular durante casi toda su estancia. Ganó la Copa del Rey en 2008, aunque su tempestuosa relación con el técnico Ronald Koeman no le permitió ser titular en la final. Marcó 30 goles y dio 36 asistencias en 218 partidos oficiales entre 2006 y 2011. Ese verano, fue traspasado al Málaga a cambio de 4 millones de euros. Tras una excelente primera temporada, logró clasificarse para la Champions League con el equipo andaluz, alcanzando los cuartos de final la campaña siguiente. En dos temporadas, anotó 10 tantos en 70 encuentros.

El 12 de junio de 2013, Joaquín fichó por la Fiorentina de la Serie A, que pagó 2 millones de euros por su traspaso. Alló permaneció 2 años, durante los cuales marcó 10 goles en 70 partidos y llegó a las semifinales de la Europa League. En el verano de 2015, a los 34 años de edad, el futbolista regresa al Betis, donde vive una segunda juventud como titular indiscutible.