Buen lateral derecho del filial valencianista, Javier Garrido fue subido al primer equipo por Rafa Benítez para la pretemporada 2000-2001. En su primera campaña tuvo pocas apariciones, pero llegó a debutar en partido de Liga frente al Celta. Se mantuvo en el primer equipo durante tres temporadas, ayudado, en parte, por la retirada de Jocelyn Anglomá. Pasó una mala racha en su segundo año, perdiendo la confianza del entrenador, y marchó cedido al Córdoba para disputar la segunda vuelta en Segunda.

Su mejor campaña fue, sin duda, la 2003-2004, en la que disputó 15 partidos de Liga y 10 de la Copa de la UEFA, y participó en gran medida en la consecución del histórico doblete. Pese a su buen rendimiento, el cambio de entrenador le supuso un paso atrás. Participó en la pretemporada 2004-2005, pero Claudio Ranieri decidió prescindir de él y fue cedido al Saint Etienne francés. En Julio de 2005 fue cedido al Albacete Balompié.

La temporada 2006-2007 iba a ser nuevamente cedido, al Lorca Deportiva, pero finalmente no superó la revisión médica por una lesión de rodilla. A causa de estos problemas físicos, y a pesar de tener únicamente 27 años, decidió colgar las botas. Tras su retirada ha seguido vinculado al mundo del fútbol, como representante de jugadores y con su propia escuela en su Torrent natal. En 2008 se incorporó a la secretaria técnica del Valencia CF, de la mano de otro ex futbolista che, Juan Sánchez, la cual abandonó en 2012 para incorporarse a la empresa valenciana de representantes de jugadores Interstar.