Nacido en Elche y de padre guineano, Carlos Akapo comenzó a jugar en las categorías inferiores del Elche y del Hércules como defensa central. En 2011, a los 18 años de edad, ficha por el Huracán Valencia, club recién fundado sobre las bases del desaparecido Torrellano Illice CF. Allí cambió su posición a la de lateral derecho, un cambio que le benefició debido a sus características físicas y técnicas. Debutó en Segunda División B el 22 de enero de 2012 contra el filial del Mallorca, y disputó un total de 24 encuentros bajo las órdenes de Nico Estévez hasta el verano de 2013. Fue entonces cuando dio el salto a la categoría de plata, fichando por el Numancia de Soria. Debutó en Segunda contra el Jaén, el 25 de agosto de 2013, completando un total de 29 partidos aquel curso y llegando a ser convocado con la selección de Guinea Ecuatorial, con la que debuta el 5 de junio de 2013, en partido amistoso contra Togo.

En julio de 2015, Carlos llega al Valencia para reforzar al Mestalla. Bajo las órdenes de Curro Torres juega 39 partidos en dos temporadas. Durante su estancia en el filial valencianista, Akapo realiza la pretemporada de 2015 con el primer equipo, participando en dos encuentros amistosos durante el mes de julio contra el Wiener Sportklub y el Werder Bremen. Finalizado su contrato con el club blanquinegro en julio de 2016, firma con la Sociedad Deportiva Huesca, donde coincide con Juan Antonio Albacete, su ex-entrenador en el Numancia, convirtiéndose en titular y disputando 28 partidos en su primera campaña.