Nacido en Godella, Juan Daniel Cordero se crio futbolísticamente en la cantera del Valencia CF, ascendiendo con rapidez por las categorías inferiores del club de Mestalla. En el verano de 1974 Milovan Ciric le convocó para disputar la pretemporada con el primer equipo. Le gustó lo que vio y le mantuvo en la plantilla, debutando en competición oficial el 12 de marzo de 1975, en partido de Copa contra el Sporting de Gijón en una alineación de circunstancias. Jugó dos partidos más de Liga hasta el final de la temporada y el curso siguiente acabó convirtiéndose en el líbero titular para Milosevic y Mestre, disputando un total de 32 partidos entre Liga y Copa.

Cordero era un defensa contundente y resolutivo, aunque en ocasiones algo aparatoso, sufrió dos expulsiones a lo largo de su carrera. Se adaptó perfectamente a la posición de escoba detrás de los centrales, mostrando siempre una buena colocación y capacidad de organizar a la defensa por delante de él. Se mantuvo jugando con regularidad durante tres temporadas más, pero unas manos involuntarias dentro del área contra el West Bromwich que privaron al equipo del pase a cuartos de final de la Copa de la UEFA le marcaron negativamente, y Marcel Domingo pareció no perdonárselo. Meses más tarde, una grave lesión de rodilla le dejó fuera de los terrenos de juego casi un año entero.

En plena transición democrática, Cordero fue el primer sindicalista del club de Mestalla y fue, junto a Quino, uno de los fundadores de la Asociación de Futbolistas Españoles, ocupando el cargo de delegado de la misma en Valencia, lo cual le supuso cargar con la etiqueta de rebelde en tiempos revueltos. Nunca afirmó que su salida del equipo respondiera a causas políticas, pero en 1980, recuperado de su lesión, marchó al Real Burgos, donde disputó 12 partidos en Segunda División hasta que abandonó el club por impagos y se convirtió activamente en defensor de los derechos de sus compañeros, convocando incluso encierros en el club. Una vez retirado, Juan Daniel Cordero se dedicó a la política, llegando a ser candidato a la alcaldía de Godella en 1987.