Virgilio Badenes era el hermano pequeño del mítico goleador del Valencia CF Manuel Badenes, con quien coincidió en el Mestalla en la temporada 1953-1954, durante los partidos últimos partidos de Liga en los que el crack castellonense intentó ayudar sin éxito a evitar el descenso del filial valencianista. Durante aquella campaña, Virgilio fue uno de los fijos en el ataque del equipo de Juan Ramón, marcando 18 goles en 24 partidos. Aguantó un año más con el filial en Tercera, llegando a debutar con el primer equipo en la pretemporada y a participar en algunos amistosos durante el curso, pero en el verano de 1955 recibió una suculenta oferta del Murcia, que acababa de ascender a Primera División, que no dudó en aceptar.

on el equipo pimentonero, Virgilio completó 10 intervenciones marcando 3 goles en la máxima categoría. Pese al descenso del conjunto murciano, Badenes se mantuvo dos campañas más a un buen nivel, totalizando 18 goles en 37 encuentros. Finalizado su contrato, regresó a su tierra para fichar por el Castellón, donde se mantuvo varias temporadas en Tercera salvo una aparición en la Segunda División durante la temporada 1960-1961.