Juan Carlos Balaguer se formó como portero en la cantera del Valencia CF, pero no llegó a debutar en partido oficial con el primer equipo, jugando únicamente 45 minutos en un amistoso contra el Segorbe el 18 de agosto de 1989. En busca de oportunidades, ficha en 1990 por el Albacete Balompié de Benito Floro, con el que lograría el histórico ascenso a Primera División el año siguiente, encajando 3 goles en 2 partidos. La temporada siguiente, ya en la máxima categoría, se mantuvo como suplente del meta titular, Conejo Jiménez, participando en 5 partidos y encajando 8 goles. Pero a partir de la temporada 1992-1993, Balaguer viviría los mejores años en su carrera deportiva, consolidándose como titular en la meta manchega durante dos temporadas en las que encajó 87 goles en 60 encuentros.

Su suerte cambiaría en 1994, con la llegada al Albacete de José Francisco Molina, que acabaría arrebatándole la plaza de titular. En las dos siguientes campañas, Juan Carlos jugaría 24 partidos oficiales entre Liga y Copa, encajando 44 goles. En el verano de 1996, tras confirmarse el descenso del equipo albaceteño, el cancerbero firma con el Mérida, club de la Segunda División, con el que juega 14 partidos (7 goles encajados) y logra el ascenso a la máxima categoría. Sin embargo, Balaguer no renueva su contrato y regresa a Valencia para jugar con el Levante, aunque únicamente disputa 7 encuentros en los que encaja 10 goles.

En el verano de 1998 ficha por el Murcia, donde se consolida como titular, participando en 30 encuentros oficiales y recibiendo 31 tantos. El curso siguiente lo pasa en el Talavera, club en el que únicamente juega un partido frente al Manchego en el que recibe 6 goles. Al finalizar la campaña, Balaguer decide poner punto final a su carrera deportiva. Una vez retirado de los terrenos de juego, Juan Carlos siguió vinculado al mundo del fútbol como entrenador de porteros de equipos como el Albacete Balompié, Castellón, Villarreal o Hércules.