Rápido en el corte, férreo en la marca y contundente en el juego aéreo, tanto en defensa como en ataque. Estas eran las principales características como futbolista de Roberto Ayala, alma de la zaga del Valencia CF de principios del siglo XXI, una de las plantillas más laureadas de la historia del club. En su palmarés con el Valencia figuran dos Ligas, una UEFA y una Supercopa de Europa. Completó 241 partidos oficiales y marcó 12 goles. Números que muestran la importancia del jugador en una etapa de gloria para el club de Mestalla.

Roberto Fabián Ayala nació en Paraná, ciudad situada en el noreste de Argentina. Dio sus primeros pasos en el Ferrocarril Oeste de Buenos Aires, club al que se unió en 1991, cuando tenía 19 años. Pronto heredó el apodo de «Ratón», con el que era conocido su padre, otro fantástico central. Allí disfrutó de tres espléndidas campañas, hasta que en 1994 marchó a River Plate, debutando también con la selección albiceleste. Ganó el Torneo Apertura con River y dio el gran salto a Europa. En 1995 firmó por el Nápoles, donde cuajó tres temporadas excelentes, completando 86 partidos en la Serie A. Tres años después, en 1998, fichó por el AC Milan, pero allí no tuvo demasiadas oportunidades. Tan sólo disputó 24 partidos en dos temporadas, aunque logró conquistar el scudetto con el equipo lombardo.

El Valencia, que buscaba un central de garantías para reforzar la zaga del equipo, no dudó en firmar a Ayala por tres temporadas a cambio de 6,5 millones de euros. Nada más llegar, se convirtió en el líder de la defensa, contribuyendo decisivamente a que esa campaña el club valencianista encajara sólo 34 tantos en 38 partidos. Aquel primer año no lo pudo culminar con el ansiado triunfo en la Champions League, el Bayern de Múnich se llevó la copa en los penaltis. Pero en la siguiente se vería recompensado. El Valencia conquistó la Liga y Ayala fue el autor del primer tanto en el partido ante el Málaga CF en el que se proclamarían campeones.

En septiembre de 2003 amplió su contrato hasta junio de 2007. Esa temporada fue aún más gloriosa, ya que ganó su segunda Liga y la Copa de la UEFA, tras derrotar al Olympique de Marsella en la final. La temporada siguiente, las lesiones le mantuvieron fuera de la mayor parte de la Liga, incluso se tuvo que perder la victoria frente al Oporto en la Supercopa de Europa. Su ausencia no ayudó al Valencia en su pobre actuación esa temporada a las órdenes del italiano Claudio Ranieri. Las siguientes temporadas, sin embargo, volvió a ser el líder de la zaga defensiva bajo las órdenes de Quique Sánchez Flores.

En febrero de 2007, al no llegarse a un acuerdo para su renovación con el Valencia, Ayala firmó un contrato con el Villarreal, pero el 14 de julio de 2007 el Real Zaragoza pagó la cláusula de rescisión que tenía en su nuevo contrato con el club castellonense. Ese mismo año decide renunciar a la selección tras perder la final de la Copa América. En su primer año con el Real Zaragoza, no pudo evitar el sorprendente descenso a la Segunda División, aunque el año siguiente lograría de nuevo el ascenso, siendo Ayala una de las piezas fundamentales para el técnico Marcelino García Toral, llegando a anotar 3 goles.

El enero de 2010 rescinde su contrato con el Zaragoza y ficha por el Racing de Avellaneda. En diciembre de ese mismo año, Ayala anuncia su retirada del fútbol profesional. Para la historia quedara siempre Roberto Ayala como figura mítica del valencianismo, por su enorme capacidad defensiva y liderazgo sobre el terreno de juego. Sin duda, uno de los mejores defensas que ha vestido la camiseta valencianista en toda su historia.