Nacido en Huelva, Manu Molina se forjó en la cantera del Recreativo. Siendo cadete, el medio onubense fue fichado por el RCD Espanyol. Tras pasar por el juvenil B y juvenil A, en la temporada 2009/2010 ya se estrenó en el filial. Pero su rápida progresión no iba a quedar ahí. El verano de 2010 el entrenador del Espanyol, Mauricio Pochettino, decidió llevárselo a la concentración estival y le hizo debutar en Primera División en el primer partido de la temporada.

En verano de 2011 se convierte en nuevo fichaje de la Sociedad Deportiva Huesca. El joven futbolista llega a préstamo por parte del Espanyol, que le ha cedido una temporada al conjunto oscense. En Verano de 2012 se convierte en nuevo fichaje para el Mestalla, llegando a debutar con el primer equipo en septiembre de 2012 en un partido amistoso contra el CD Alcoyano. En marzo de 2013 vuelve a jugar con el primer equipo un amistoso contra el Castellón.

Se mantiene en el Mestalla hasta verano de 2014, cuando decide fichar por el Recreativo de Huelva. En 2016 marcha a Coruña para jugar con el filial del Deportivo y en 2017 firma con el Club Lleida Esportiu, de la Segunda División B.